| Acarien | Animal de la classe des Arachnides (importante classe d'Arthropodes) qui, contrairement aux insectes, n'ont ni antennes, ni ailes, ni yeux composés. Ils sont dénommés abusivement "araignées rouges" ou "araignées jaunes". |
| Acervule | Structure de reproduction, en forme de coussinet, produisant des spores sur de très courts conidiophores disposés en palissade (caractéristique de l'ordre des Mélanconiales comme les genres Microdochium et Colletotrichum). |
| Adélomycètes | Classe des champignons à reproduction sexuée inconnue ou champignons imparfaits (= Deutéromycètes). |
| Agaricales | Ordre de champignons rassemblant essentiellement ce que l'on appelle communément des "champignons à chapeaux" ou carpophores.
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| Alcalin | Qui a les propriétés d'une base (synonyme : basique). |
| Alternes | Feuilles insérées une à une à des hauteurs différentes sur les tiges. |
| Amastigomycètes | Champignons sans zoospores (ne montrant plus de stade à cellules mobiles dans l'eau). |
| Amendement | (du sol) matériau apporté aux sols dont la fonction principale est d'améliorer leurs propriétés physiques et/ou chimiques et/ou leur activité biologique |
| Amphisphaeriales | Ordre de champignons appartenant aux Pyrénomycètes. |
| Amphispore | Voir mésospore. |
| Ampulliforme | En forme d'ampoule. |
| Anamorphe | D'une forme différente de l'organisme qui lui a donné naissance. |
| Anastomose | En mycologie, communication entre deux hyphes. |
| Annuelle | Plante dont le cycle végétatif est toujours inférieur à un an et ne fleurissant qu'une fois. |
| Annulaire | En forme d'anneau. |
| Anse d'anastomose | Boucle latérale d'un hyphe, au niveau d'une cloison, chez certains Basidiomycètes. |
| Antagoniste | Concurrent. |
| Anthéridie | Organe reproducteur mâle. Chez les Oomycètes, la reproduction sexuée s'effectue par fusion des noyaux d'un rameau mycélien globuleux appelé organe et d'un rameau plus mince nommé anthéridie. |
| Anthracnose | Maladie provoquée par des champignons du genre Colletotrichum. |
| Antifongique | Fongitoxique, toxique pour certains champignons ; on emploie couramment le terme "fongicide" pris dans son sens le plus large (incluant le sens de "fongistatique" c'est-à-dire "qui inhibe la croissance du champignon sans détruire celui-ci"). |
| Aphyllophorales | Ordre de champignons appartenant aux Hyménomycètes (Basadiomycètes). |
| Apical | Se dit de la partie qui forme le sommet d'un organe ; contraire de basal. |
| Apicule | (pour un spore de champignon) petite pointe généralement peu arquée, terminant le sommet de certains spores. |
| Apothécie | Fructification typique des champignons de la classe des Ascomycètes Discomycètes, largement ouverte, en forme de coupe, pédicellée ou non. La face supérieure des apothécies (hyménium) porte les asques et les ascospores. |
| Arachnéens | (filaments) fins et légers comme une toile d'araignée. |
| Arbuscule | Ramification en forme de petit arbuste. Se dit pour les filaments mycéliens. |
| Arthrospores | (ou arthroconidies) conidies formées par désarticulation d'un filament du thalle d'un champignon (le terme de "conidies" est ici pris dans un sens non strict), comme par exemple chez l'agent du fil rouge, Laetisaria fuciformis. |
| Article | Pièce articulée d'un organe. Chez les champignons, espace compris entre deux cloisons transversales successives. |
| Ascendant | Etalé à la base puis redressé à son extrémité. |
| Ascochytose | Maladie provoquée par des champignons du genre Ascochyta. |
| Ascomycètes | Classe des champignons à reproduction sexuée aboutissant à la formation d'asques. |
| Ascospores | Spores de la reproduction sexuée des champignons Ascomycètes, produites à l'intérieur d'un asque. |
| Ascothécies | Périthèces en forme de poires dans lesquels se forment les asques dans la sous-classe des Pyrémomycètes. |
| Asphyxie | Etat déterminé par le ralentissement ou l'arrêt de la respiration. Par extension, manque d'air dans un milieu donné. |
| Asque | Cellule en forme de sac, contenant gnénéralement 8 ascospores, caractérisant les Ascomycètes et issue de la reproduction sexuée. |
| Asepté | Non cloisonné. |
| Atypique | Différent du type, ou ne se rapportant nettement à aucun type ; trop peu typique pour être facilement classé ou identifié. |
| Auriculé | Muni, à la base, d'oreillettes. |
| Axillaire | Placé à l'aisselle d'un organe (d'une feuille ou d'un rameau, par exemple). |
